Nos ninjas sont toujours en train de se battre, ou sont toujours en mission sous les ordre de Tsunade-sama. Et l'amour dans tout ça? Des couples se forment, mais qui a fait le premier pas? Au programme Naruto/Hinata, Sakura/Sasuke, Kakashi/Shizune, il y en aura d'autres, mais lesquels? Au fait Sasuke est de retour à Konoha, il n'a pas réussi à se débarasser d'Orochimaru mais il a pu revenir à Konoha, sans être considéré comme un déserteur.

Il y a 4 ans, une grande guerre réunissant tous les pays ninja du monde ainsi que les trois sannins fut déclarée contre l'organisation Akatsuki qui commençait à réunir trop d'effectifs pour être arrêtée plus tard, le résultat de cette guerre fut positif et décima Akatsuki mais le monde des shinobis perdit leurs trois meilleurs ninjas : les Sanins. Quatre années plus tard, un jeune garçon se réveille et il ne se doute pas ce que son destin lui a réservé.

Une nouvelle élève, Sakura Haruno, arrive au lycée de Konoha. Elle semble souffrir d'un lourd passé. Tous les jours, elle écrit dans un mystérieux carnet vert. Sasuke est résolu à percer le mystère...

Naruto va s'entraîner avec Jiraya pendant 3 ans mais va disparaître. Jiraya va annoncer la mauvaise nouvelle au village. Sept ans plus tard un étranger arrive dans le village. Il est pour le moins étrange. Entretemps Sasuke est revenu...