Naruto va s'entraîner avec Jiraya pendant 3 ans mais va disparaître. Jiraya va annoncer la mauvaise nouvelle au village. Sept ans plus tard un étranger arrive dans le village. Il est pour le moins étrange. Entretemps Sasuke est revenu...
Une guerre sans merci oppose les villages cachés de Suna et Konoha. Alors que la fin se rapproche de jours en jours, une mission d'infiltration est lancée par un des deux villages. Malheureusement, tout ne se passe pas comme prevu.