Naruto n'est plus le même... Il plonge de plus en plus profondément dans les ténèbres, son seul soutien se voit être Hinata. La mort de Jiraiya l'a attristé au point de ne vivre que pour la vengeance, la vie ne l'intéresse plus. Mais lorsque une tragédie fait son apparition, les objectifs de Naruto ne seront plus du tout les mêmes. Naruto ne voudra plus avoir de lien avec Konoha...

Ceci se passe 9 ans après le début de la Next Gen: Oto et Orochimaru ont été vaincus et Naruto, Sasuke et Sakura ont été nommés Sannins par Tsunade. Tout le monde coule des jours heureux, bref, la paix règne, quoi! Mais quand une fille aux étranges pouvoirs fait son apparition et qu'un ennemi jusque là tapit dans l'ombre frappe, on se retrouve dans la galère...