Konoha a été détruit par Akatsuki. Ces derniers règnes en maitres sur les pays ninjas. Seuls Suna résiste encore. Un jour Ino retrouve Naruto alors qu'elle le pensait mort mais ce dernier a perdu pratiquement toute sa mémoire. Les deux amis décident alors de rentrer dans la résistance pour retrouver leurs compagnons. Mais lorsqu'on découvre que dans la mémoire de Naruto se trouve peut-être la clé de la victoire, complot, meurtres et courses poursuite viennes se rajoutez aux aventures de Naruto.