Les plus grandes et anciennes familles de ninjas sont organisées sous forme de clans, régis par une hiérarchie claire et stricte. A l'image d'une pyramide, les membres qui la constitues sont repartit suivant leur importance au sein du clan. Chacune de ces familles possède ses origines, ses coutumes familiales, ses spécialités et techniques.
Ces clans peuvent posséder des membres n'appartenant pas forcément à la lignée familiale, mais ces derniers ne seront tenus qu'à des taches subalternes (espionnage, assassinat, ...) et n'auront que peu de poids sur toutes décisions, et, bien généralement, n'auront aucun contact avec les plus hauts membres. Ils sont aussi les premiers défenseurs de leur communauté en cas d'attaque ennemie, comme un éventuel clan rival. Le niveau moyen est composé de ninjas faisant office d'intermédiaires entre ces ninjas de bas rang, et les échelons supérieurs distribuant les taches, et recevant les rapports. Le rang supérieur, élite du clan, est détenteur de la philosophie et des décisions stratégiques de la communauté, il surveille aussi avec attention la vie du clan. Ils sont aussi ceux qui connaissent et protègent les secrets martiaux de la famille.
Historiquement, l'élite du clan portait le nom de
Jônin (ou
Jounin), et seules quelques personnes, très rares, connaissaient son identité. Venaient ensuite les
Chuunin du clans qui pouvait parfois connaître le
Jônin, et qui dristribuaient les ordres aux hommes tout en bas de l'échelle: les
Genins. Cette structure a été reprise par Masashi Kishimoto, qui l'a étendue aux villages Ninjas, organisations qui n'existaient ni au Japon ni en Chine, seules pays où les ninjas existaient.
Dans certaines puissantes familles, le dernier rang se voit divisé en deux, une branche mineure de la lignée familiale nommée
Bunke, ultime rempart protecteur de la branche principale, généralement désignée par le droit d'aînesse, que l'on nomme
Soke. Sous cette forme divisée, c'est la
Soke qui possèdent le savoir complet des arcanes familiaux et, si elle en partage une partie avec la
Bunke, elle garde un contrôle absolu sur cette branche mineur tout d'abord pour éviter toute menace envers la branche principale, mais aussi pour assurer le secret des techniques du clan. Au sein d'une lignée familiale se transmettent soit secrètement de génération en génération leurs
Hiden no Jutsu, soit héréditairement leurs
Hijutsu et techniques rattachées, sous le contrôle du plus haut rang du clan.
Si aujourd'hui ils sont moins nombreux, les clans l'étaient bien plus jusqu'à l'époque de la
Grande Guerre des Clans:
Ninken Taisen. On pouvait alors mesurer la force d'un pays ou village à celle des clans qui les habitaient. Pouvant assurer des postes important au sein d'un village, comme police militaire, ils étaient aussi utilisés par les pouvoirs en place, et, tout particulièrement les clans possédant un
Hijutsu, comme outils de guerre. Ces derniers clans étaient alors synonyme de violence et de mort, ce qui provoqua l'inquiétude de ceux ne possédant cette particularité héréditaire. Ils subirent alors une chasse aux sorcière de la part des pays ennemis aussi bien que des clans rivaux qui souhaitaient soit s'approprier leurs arcanes secrets, soit éliminer la menace que ces clans représentaient. Seul les plus puissant ou les plus chanceux parvinrent à survivre à ces vagues meurtrières.
Rédigé par korokuso