Kabuto continue son histoire. Au fil du temps il devient un très bon ninja médecin.
Dans un camp de soin, il fait la rencontre d'Orochimaru qui lui propose de devenir un shinobi mais celui-ci ne semble pas intéressé. Orochimaru était à ce moment-là un membre de la Racine sous les ordres de Danzô qui était venu essayer de recruter à nouveau Nonô afin de l'envoyer dans une mission de reconnaissance à long termes dans le village d'Iwa. Celle-ci, contre son gré, accepte sa requête.

Afin de remplacer un de ces hommes mort, Danzô veut aussi un des "enfants" de Nonô. Kabuto, qui écoutait discrètement la conversation, décide de les rejoindre de son plein gré afin de devenir un ninja et de perfectionner ses capacités médicales.

Le temps passe, les identités de Kabuto changent et un jour, il se retrouve à Iwa et tombe sur sa mère adoptive qu'il blesse... Il essaye de la soigner mais celle-ci ne le reconnait pas. Il s'échappe et se regarde dans l'eau mais peu à peu, lui non plus, ne se reconnait plus. Orochimaru apparait devant lui.