Sasuke et Itachi sont toujours en face de Kabuto. Afin de se protéger d'un éventuel Genjutsu des deux frères, celui-ci prend le soin de cacher son visage. Sasuke et Itachi en savent beaucoup de ses serpents mais il leurs explique que ce n'est pas en connaissant leurs mystères qu'ils arriveront à le vaincre.

Il débute le combat en utilisant ses serpents mais les deux frères se protègent avec leurs Susanoo respectifs. Ils n'arrivent pas à toucher Kabuto car celui-ci se cache. Il dévoile aux deux frères qu'il utilise la capacité de liquéfaction de Suigetsu, il explique aussi qu'il a gagné énormément de pouvoir après avoir étudier le corps d'une Uzumaki, l'ancienne compagne de Sasuke, Karin.

De plus, il montre la même capacité avec la nature que Juugo à la différence qu'il l'a perfectionné grâce à un entrainement au Ryuchidou, l'antre des Dragons. Dirigé par le grand sage serpent, l'entrainement de Kabuto lui a permis de surpasser Orochimaru et ainsi de devenir un Sennin. Son pouvoir en mode Sennin est celui des dragons.