Dans la forêt des ninjas se déplacent pendant que Chiyo tente de redonner vie à Gaara. Sakura repense aux paroles de l'ancienne à propos de quelque chose d'important qu'il lui restait à faire. Naruto s'impatiente mais Sakura lui explique la situation, Chiyo faibli et son chakra commence à se dissiper. Elle est à bout de souffle et Naruto lui propose son chakra pour terminer son jutsu ; le chakra recommence à se répandre malgré tout Naruto tient le coup.
Chiyo remercie implicitement Naruto et parle de ses erreurs passées, déclare à Sakura qu'elle deviendra probablement meilleure que son maïtre et, elle fait une dernière demande à Naruto : sauver Gaara !

Gaara lui, se retrouve dans une monde étrangement jaune et se revoit jeune, tout à coup il se réveille...Un nombre important de ninja de Suna sont présents tous s'inquiètant du sort du kazekage. Certains pleurent d'autres dansent mais Temari réprimande Kankurô et Naurto. C'est alors que les fangirls de Gaara se ruent sur lui éjectant Naruto ; Kankurô lui dit de ne pas s'en faire et le remercie d'avoir sauver Gaara qui renvoit tout le mérite à Chiyo inconsciente dans les bras de Sakura. Tout à coup, le ciel s'assombrit et la mort de Chiyo est annoncé par Kankurô pour ceux qui n'auraient pas compris.
Il explique alors que cette technique fut découverte lros de la recherche de don de vie aux marionettes, Naruto se souvient alors des dernières paroles de la défunte. Ebizou se souvient des moqueries de sa soeur où elle lui faisait croire être morte mais, cette fois elle ne joue pas la comédie malheuresuement. Naruto compare Chiyo à Sandaime pendant que Gaara se relève, tout les deux faisant face à Chiyo Gaara demande une prière générale pour elle.

Deidara sort du sol à la lisière de la forêt se pleignant de la force de ses adversaires, il se remémore les techniques de Dojutsu de Kakashi. Il part à la recherche de son bras pendant que Zetsu fouille le corps de Sasori avant que Tobi ne trouve la bague recherchée.

Sous la pleine lune Baki court à l'entrée de Suna où tout le village attend le retour du Kazekage. Tout à coup, une masse de shinobi arrive, rapportant Gaara sous les acclamations du peuple. Alors que Gaara s'apprête à rentrer il demande à ce que le corps de Chiyo rentre en premier et la prière silencieuse s'instore dans la foule...
A Konoha, le faucon de rapport de mission arrive et Shizune le lit à Tsunade. Tous se reposent sur la tombe de Chiyo et c'est Ebisou qui prend la parole, demandant à tous de faire leurs adieux. Alors que les ninjas de Konoha s'apprentent à partir, Naruto et Sakura restent devant la tombe sans bouger. Lee les appelle et aux portes de Suna, Gaara tend la main à Naruto qui lui tendra la sienne en signe d'aurevoir.

Sur le chemin du retour, Gaï s'énerve de devoir porter Kakashi et décide de le mettre sur son dos. Lee impressionné demande à Néji de faire pareil, mais l'interessé ne semble pas emballé. Alors que Tobi croit en la mort de Deidara celui-ci débarque mais leur rivalité les force à se battre. Dans un endroit secret de Konoha un vieux borgne nomme un jeune homme Sai et lui assigne sa mission.
Sai, un jeune homme qui a du mal à montrer des émotions.

Aux portes de Konoha, Izumo et Kotetsu veillent plus ou moins pendant que Shikamaru se lève. Choji commande un autre bol et dans la brume c'est Gaï qui arrive en courant, Kakashi sur le dos. En seconde position arrive Lee qui compte bien arriver premier la prochaine fois, mais Kakashi étant sur le dos de Gaï Lee est finallement troisième ; le choc est rude mais le reste de l'équipe semble s'en remettre.

Kakashi se réveille à l'hopital, les deux équipes à son chevet, mais Tsunade arrive et Naruto en profite pour essayer de voir le visage de son ancien maître. Sakura la suit pour faire son rapport, lui parlant des informations que lui a donné Sasori avant de mourrir. Plutôt que d'abbandonner, Tsunade choisit de recruter de nouveaux membres mais, Shizune emet la possibilité de retirer Naruto de l'équipe. Quand bien même Tsunade lui explique, Naruto était là depuis le début et part faire un tour au village.
Au pied d'un arbre, Shino regarder passer Naruto qui, dans ses reflexions ne le remarque même pas. Quand celui-ci l'interpelle il ne le reconnait pas tout de suite mais, à la façon de parler de son ancien camarade il le reconnait facilement. C'est alors Kiba que Kiba et Akamaru font leur entrée. Naruto reconnait Kiba dès le début et pas Shino, ce qui semble le blesser un peu, Hinata elle ne peut lui faire face et se cache. Encore une fois Naruto approche Hinata qui ne failli pas à sa tâche et s'évanouit.

Pendant que Naruto essaye d'emprunter l'un des membres de l'équipe, Hinata reprend ses espritsmais Naruto lui reparle et elle retombe aussitôt dans les pommes. Shikamaru lui, est examinateur à l'examen chuunin et donc ne peut pas bouger. Chôji débarque et propose son aide à Naruto quand tout à coup un monstre d'encre les attaques ! En face c'est Saï qui envoi les créatures mais le trio Naru-Shika-Cho décide de s'en charger.

Malgré le bon sens de Shizune qui fait même changer d'avis Sakura, Tsunade comtpe envoyer l'équipe de Kakashi ; dans les rues de Konoha, Naruto fonce sur Saï avec Shikamaru qui le couvre. Saï sourit à Naruto quand il lui demande son nom tandis qu'une ancienne du village demande à Tsunade de venir discuter de quelque chose avec elle.
Dans le bureau de Tsunade les deux Hauts Conseillers du village viennent demander à l'Hokage de ne plus assigner à Naruto de missions en rapport avec l'Akatsuki, les raisons étant implicites. Encore une fois, sa réponse est négative en prenant l'example de l'incident Gaara au village du sable ; Tsunade qui n'arrive à se résoudre se rappelle Naruto lors de leur combat contre Kabuto où il avait gagné leur pari, le jour où elle avait offert le pendentif à son petit frère. Tsunade garde confiance en Naruto et convainc les deux membres du conseils contre leur droit du choix d'un des membres de l'équipe.

C'est alors que Danzou fait son apparition, l'Hokage se mettant alors à parler de l'Anbu "racine" tandis que Saï insulte Naruto. Shikamaru se concentre sur son adversaire qui promet à Naruto de le revoir bientôt avant de disparaître. Ino arrive après fait et ne comprend aps bien la situation mais salue néanmoins Naruto de loin. Pour remplacer Kakashi, l'idée est de sortir un anbu de l'ombre comme "intérimaire" mais dans le couloir Tsunade s'énerve tandis que SHizune tente de s'excuser.
Pendant qu'elle écrit, un anbu arrive derrière elle et reçoit son ordre de mission et son nom de code : Yamato. Sa mission est de prendre non seulement la place de leader de Kakashi mais aussi de garder un oeil sur l'agent de la "racine" de Danzou, un homme qui tenta silencieusement de renverser Sandaime.
Au point de rendez-vous Naruto rencontre Sakura avant de voir Saï arriver ce qui met Naruto dans un état de colère rouge, Yamato comprend alors que la mission ne sera aps si simple que prévue.

La première rencontre de la nouvelle équipe 7 se passe assez violement à cause du peu de bon sens en relations sociales de Saï qui, se met ses camarades à dos. A l'hopital, Kakashi reçoit la visite de Jiraiya qui lui apporte deux volumes de ses livres ; Kakashi devine qu'il n'est pas venu pour ça et Jiraiya lui révèle que Tsunade et Yamato doivent arriver.
Les présentations sont baclées et Yamato brief déjà son équipe sur la nouvelle mission, Naruto et Sakura sur le chemin du retour comparent Saï à Sasuke qui est quoi qu'il en soit, meilleur que lui. Alors que Saï prépare ses affaires, un anbu l'attaque juste pour tester ses réflexes et lui remet des documents secrets pour une mission secrète. Alors qu'il se sent observé il lance un kunaï qui effraye un chat et lui rappelle les règles de la Racine.

Tandis que Kakashi s'amuse avec ses nouveaux livres, Yamato arrive et Tsunade révèle qu'elle l'a amené pour une certaine raison : son étrange transformation lorsque le chakra de Kyubi se libère. Kakashi a stoppé Naruto alors que déjà deux queues s'étaient formées, Jiraiya lui n'a frolé la mort que deux fois, la première lorsque Tsunade l'éjecta des sources chaudes, la seconde lorsqu'une quatrième queue se forma ; il en garde la cicatrice sur le torse.
Sakura sort pour retrouver Tsunade qui rentre juste de l'hopital, les deux veulent se parler et alors que Sakura fait son rapport Danzou rentre dans la pièce. Il vient quérir des nouvelles du capitaine d'équipe et s'y met à coeur joie pour insulter la mémoire d'anciens Hokages. Alors que Tsunade explique à son élève qui il est, le temps coule et il est temps d'y aller ; Naruto part lui aussi.
L'équipe est réunie aux portes du village et la mission peut démarrer.

L'équipe guidée par Yamato semble partir sans projets de bonne humeur et Naruto fixe Saï pour le comparer à Sasuke. Saï remballe Naruto ce qui semble le mettre dans tout ses états et le pousse à dire que Saï n'appartient pas à l'équipe ce qui jette un sacré froid. Yamato tente de calmer le jeu mais Naruto s'emballe et Saï continue de le provoquer en insultant Sasuke. C'est Sakura qui sauve le tout ce qui rassure le capitaine.

A Konoha Shizune s'inquiète sur l'état de l'équipe de Yamato mais la situation se retourne contre elle et Tsunade s'énerve du manque de tact que son ancienne élève. Sakura sourit à Saï qui lui renvoit juste avant de se faire frapper par la donzelle qui n'a pas apprécié le commentaire sur son ancien camarade. Saï reste calme sous les menaces de sa camarades, ce que Naruto ne comprend pas et alors que la situation se corse Yamato sort le grand jeu : une énorme brison de bois. Le Mokuton, technique que seul le Premier Hokage maitrisait, mais le capitaine propose deux solutions avant de sortir son terrible regard.
Aux sources chaudes, Yamato recommence l'utilisation de ce visage plein d'ombre ce qui effraye Naruto et Saï en profite pour placer une belle remarque. Sakura, elle, a honte de ses coéquipiers un peu trop bruyants. Naruto s'apprête à espionner Sakura quand Yamato lui raconte la fois où Jaraiya a failli mourrir en faisant la même chose pour Tsunade ce qui semble le calmer. Yamato fouille dans ses affaires et trouves trois graines qu'il sembler vouloir utiliser pour des raisons inconnues.

Toute l'équipe se retrouve à table devant un repas royal ce qui semble ravir tout le monde ; pendant ce temps à Konoha Kakashi semble en petite voie de guérison. Yamato révèle à son équipe qu'il paye tout depuis le début ce qui fait voter Sakura et Naruto pour son admission définitive en tant que capitaine de l'équipe. Au petit matin, Saï part avant que ses coéquipiers ne se lèvent et Sakura en se levant le remarque à la lisière de la forêt.

Le soleil se lève et Saï s'assit au bord de l'eau sortant des peintures pendant que Naruto cauchemarde de s'être fait prendre en train d'espionner aux sources puis, le visage effrayant de Yamato vient lui rappeller qu'il l'avait prévenu. Heureusement pour Naruto ce n'était pas réel mais à son réveil il remarque que Saï et tout son équipement ont disparu. En sortant il tombe sur Yamato qui le rassure sur la position de Saï et qui lui demande de faire quelque chose pour lui.
Sakura elle va voir ce que Saï dessine mais son oeuvre, comme ses milliers d'autres, n'a pas de titre. Alors que Sakura insiste, il lui explique que rien ne lui vient jamais à l'esprit. Naruto vient critiquer mais comme d'habitude il ne fait que s'emballer face à Saï qui lui dit qu'il n'a aucun problème vu qu'il ne ressent rien. Sakura tente de regarder un livre d'images de ce dernier qui ne semble pas vouloir, car il n'est pas fini et qu'il appartient à son frère.

Yamato semble réussir à rapprocher son équipe grace à sa technique particulière du "visage ombré" . Au bout d'un moment, en pleine forêt, Yamato décide de couper à travers les arbres ce qui déplait au duo mais Yamato s'explique facilement : l'information de Sakura est peut êtr eun pigèe et Naruto est la cible de l'Akatsuki. Dans une clairière le capitaine décide l'arrêt pour la nuit avant de faire un jutsu créant ainsi une énorme maison.
Tout l'équipe semble trouver son compte et la réunion briefing peut commencer. Yamato a besoinb d'un maximum d'informations minutieuses sur Sasori de la aprt de Sakura pour pouvoir tromper l'espion et le faire se révéler. Yamato explique ses trois scénarios possible pour la réussitte de la capture, l'équipe divisée en deux groupes : Sakura-Yamato et Naruto-Saï.

Alors que Sakura tente de changer les équipes pour garder un oeil sur Naruto, Yamato lui rappelle qu'elle est le seul ninja médical et qu'ils ne peuvent se permettre de la perdre. Le capitaine jette un coup d'oeil dehors sans rien voir mais dès qu'il est rentré, sur une dune au loin l'espion d'Orochimaru fait surface.
Naruto et Sai sont en position tandis qu'un homme couvert d'une cape avance sur le pont, le "faux Sasori" le rejoint quelques secondes après. Tout a coup le signal est donné et le duo passe à l'action mais c'est Sakura qui apparait à la place du Sasori et l'espion se révèle être Yamato ; ce n'est qu'une simulation organisée par le capitaine pour juger les compétences de l'équipe. Naruto et Sai combattent alors à mains nues leur adversaire commun avant de tenter un rasengan que Yamato empèchera en emprisonnant le clone transformé en Sai. Naruto se ressaisi et le plaque au sol ce qui permet au vrai Sai de créer un serpent d'encre qui emprisonnera Yamato ET Naruto ! Sai se dirige alors dans une autre direction, Sakura arrive et elle fait remarquer à Naruto qu'il est ligotté avec un clone de bois.

Sai a attrappé Yamato, apparement seul, ce qui ne laisse pas l'attrapé indifférent ; il se souvient alors des consignes de Tsunade. Sai repense à la force de Haruno Sakura pour avoir réussi à déttacher Naruto, et la simulation se termine sur la rupture des liens du capitaine. Naruto semble à nouveau s'emporter à cause du comportement de Sai qui lui explique simplement qu'il a mal réagi et fait tout rater. Naruto lui tourne le dos mais son coéquipier le provoque en parlant de la plausible réaction de Sasuke à sa place, alors que Yamato s'inquiète Naruto semble totallement se controller et répond simplement à Sai qu'il ira jusqu'à faire équiper avec lui pour sauver un ami.
Sakura explique à son équipier que Sasuke est comme un frère pour Sai et il lui explique qu'il ne comprend pas car il ne ressent rien. Quant à imaginer, Sai en serai capable mais il avoue à Sakura que son frère est déjà mort. Yamato tente de stopper les tensions mais Sakura annonce clairement qu'elle se retient de tapper Sai car Naruto a accepté de travailler avec lui ; c'est alors que Naruto demande à ses équipiers de rentrer. Après une nuit de sommeil ils s'approchent du pont.

Des rongueurs d'encre trainent autour du pont avant de faire leur rapport à Sai, personne à l'horizon apparement. Yamato utilise alors une métamorphose de bois pour prendre l'apparence d'Hikuro, la marionette de Sasori, puis demande à Sakura de lui indiquer la voix ressemblant le plus à celle de Sasori. La voix trouvée, le vocabulaire acquis, l'équipe de Yamato se met en place autour du Pont du Ciel et de la Terre. Sakura, Sai et Naruto ont trouvé leur point d'observation pendant que le capitaine s'avance vers le pont sans trace de l'espion d'Orochimaru, c'est Sai qui le voit le premier s'approcher.

Alors que l'espion est au milieu du pont, Yamato s'approche lentement mais surement de son interlocuteur qui se révèle être Yakushi Kabuto. A la demande de Yamato, Kabuto lui raconte tout ce qu'il sait sur les plan sur les plans d'Orochimaru et Sasuke. En parlant du serpent, dans les arbres de l'autre côté du pont c'est Orochimaru qui arrive le sourrire aux lèvres. L'espion avoue ne pas avoir ce que voulait Sasori et Sakura s'inquiète de la situation, Orochimaru fait alors son entrée.
Avec ce nouveau facteur les choses se compliquent, Orochimaru vient juste remercier Sasori de lui avoir offert Kabuto selon ses dires. Celui-ci passe à l'attaque et frappe Yamato ! Il esquive l'attaque de son autre adversaire puis Kabuto demande à son maître si celui qu'il voit est bien Sasori.

Orochimaru sait tout, Yamato peut donc sans problème donner le signal et appeller son équipe en renforts. Les retrouvailles entre Uzumaki Naruto, Haruno Sakura, Yakushi Kabuto et Orochimaru ne sont pas très touchantes mais Orochimaru semble vouloir s'amuser un peu avec Naruto et voir s'il a mieux grandi que Sasuke .

La colère de Naruto laisse place à Kyubi mais, Kabuto et Orochimaru enfoncent le couteau dans la plaie avant que Uzumaki Naruto ne charge l'homme serpent. Il se retourne alors vers Kabuto qui comprend rapidement qu'il n'a aucune chance face à "ce" Naruto, alors que Haruno Sakura et Sai se demandent ce qui peut bien entourner Naruto Yamato se souvient du discours de Jiraiya. La colère du Jinchuuriki ést la clef de la rapidité de sa transformation. Le sceau de Yondaime s'affaiblit et de plus, le chakra de Kyubi une fois à ce point sorti, blesse gravement Naruto ce qui risque de raccourcir sa durée de vie.Yamato a été pris pour son ADN du Shodai qui lui permet de controller les Jinchuurikis.
Orochimaru qui avait été projeté par Naruto semble enfin revenir. Sa peau blanche a été arraché partiellement et un autre visage apparait en dessous, voyant le pouvoir de Naruto il comprend la présence de Yamato. Orochimaru rit de l'utilisté de son "experience" pour Konoha, sur soixante bébés auquels il avait injecté l'ADN de Shodai, seul Yamato a survécu. Orochimaru aimerait bien tester la puissance de Uchiwa Sasuke face à celle de Naruto mais en utilisant un possessif il ne fait qu'augmenter la colère de Naruto ce qui lui offre deux queues supplémentaires.

La colère de Naruto ne fait qu'augmenter et son physique se rapproche de plus en plus d'un mélange entre Kyubi et Orochimaru, un visage monstrueux. Orochimaru, lui, doit faire face mentalement à Kyubi qui l'éjectera par un rugissement puissant pendant que Naruto fini sa transformation des trois queues.Son cri de colère est accompagné d'un rugissement bestial.

A l'interrieur de Naruto, ses paroles se répercutent jusqu'à Kyubi qui se réveille dans sa cage. Alors que Naruto se prépare à charger Orochimaru, Kabuto lui fonce dessus pour l'arrêter. Naruto l'entend et le repousse avec du chakra pur, sur son passage Kabuto heurte Sakura tandis que le pont s'effondre elle est inconsciente ! Naruto tombe mais le chakra qui l'entoure attrappe s'accroche à un arbre. Sai parle de commencer sa réelle mission et Yamato essaye de sauver Sakura tant bien que mal.
Sai traverse le pont sur un oiseau d'encre et croise Sakura dans sa chute mais ne la rattrape pas. Du ciel il cherche le combat opposant Naruto à Orochimaru qu'il ne tardera pas à survoler avant d'être éjecté par une explosion. Un Orochimaru sort du premier qui semblait assez mal en point alors que Naruto souffre pendant la poussée de sa quatrième queue.

En son fort interrieur Naruto se retrouve dans le noir les pieds dans l'eau. Il entend un grognement au loin puis voit Sasuke passer devant lui sans le remarquer mais quand il essaye de le ratrapper le nivveau d'eau monte. Naruto à nouveau s'en veut de n'avoir pu arrêter son ami et il se revoit le combattre. Il se repproche de n'avoir été assez fort mais il comtpe devenir meilleur, toujours plus fort. Apparaît alors la cage de Kyubi dans laquelle arrive Naruto sans trop s'en rendre compte et le Démon Renard en profite pour l'attraper et prendre controlle du garçon.
Dans la réalité, la peau de Naruto s'arrache et son sang se mêle au chakra de Kyubi pour laisser place à une créature démoniaque. Yamato réveille Sakura qui va plutôt bien mais elle s'inquiète de la situation actuelle. Kabuto se soigne pendant que Yamato informe sa coéquipière de la situation et que Sai observe le combat. Le capitaine envoie un clône sur le terrain mais les ondes de choque provoquées par Naruto semble empècher tout rapprochement pour qui que ce soit.
Yamato arrive enfin, Naruto a laissé place à un mini Kyubi enragé.

Au centre de l'implosion, un minuscule Kyubi rouge sang regarde Orochimaru qui rie ; le clone de Yamato le prévient alors que la Quatrème Queue est apaprue. Orochimaru crache une vague de serpents crachant une lame mais Naruto frappe le sol et fait exploser les serpents, l'onde de choc se ressent jusque sur le pont ! Orochimaru se relève et Naruto frappe à novueau le sol avant d'envoyer des bras de chakra sur son adversaire, pendant ce temps Sakura demande des informations complémentaires à Yamato qui lui dit de ne pas s'inquièter.
Orochimaru envoit un serpent s'enrouler autour du bras de chakra mais il brûle à son contact ! A nouveau un serpent en crache un autre et cette fois Naruto le coupe en deux. Des serpents lient alors les deux morceaux du sanin pour ne reformer qu'un. Kabuto s'approche alors de Sakura et Yamato en disant que Sasori était le seul à connaitre ce rendez-vous et qu'il a du mettre Konoha sur la piste pour se débarasser d'Orochimaru. En réflechissant à voix haute il découvre petit à petit comment tout s'est déroulé jusqu'à la mort de Sasori et il semble apprécier ce point là.

Naruto pousse un rugissement effrayant et des milliers de bulles de chakra se forment autour de lui puis il les concentre avec ses queues et sa bouche ; le sol autour de lui senfonce et pendant ce temps Sai se rapproche pour mieux voir. Tout à coup Naruto avale la boule de chakra et elle semble comme exploser en lui puis il la crache sur Orochimaru qui invoque un trio de portes. Encore une fois l'onde de choc est ressentie au loin et Orochimaru est à moitié enfoncé dans le sol.
Une épée sort du sol et se plante dans Naruto avant de le repousser à quelques centaines de mètres plus loin, poussée par Orochimaru en forme de serpent. Sakura voit alors en quel monstre s'est transformé son camarade et semble choquée à souhait.

Naruto crie de douleur pendant que les deux Yamato se trensmettent les informations que chacun peut collecter, le clone de bois remarque alors la présence de Sai et décide de le surveiller. Pendant ce temps Sakura assimile ses souvenirs de Naruto au monstre qu'elle a sous les yeux ; Orochimaru tente de transpercer Naruto avec Kusanagi mais même l'épée légendaire ne peut blesser le Jinchuuriki. Naruto se resaisit et pousse l'épée qui au passage fauche presque Kabuto, Yamato et Sakura.

Kabuto remarque que le combat de ninjas qui était prévu s'est transformé en combat de monstres avant qu'Orochimaru ne range son épée. Naruto s'enrage mais les paroles de Kabuto font réfléchir Sakura sur le comportement de son camarade : aller jusqu'à perde le contrôle de soi pour sauver son ami. Les larmes coulent le long des joues de Sakura puis elle fonce vers Naruto en pensant pouvoir changer les choses mais il ne semble plus faire la distinction entre ami et ennemi.
Sai observe Orochimaru qui mue à nouveau mais bien plus péniblement cette fois et, se plaint de ce corps qui le rejette. Sai veut saisir sa chance et Sakura est frappée de plein fouet ; Yamato emprisonne Naruto avec un nouveau jutsu mais Kabuto s'approche de Sakura ! Alors que Yamato le bloque, il lui explique qu'ils ont le même but : éliminer l'Akatsuki, il soigne alors Sakura. Naruto finit par se libèrer et Kabuto en profite pour s'échapper et Sai pour engager la conversation avec Orochimaru.

Yamato utilise la technique du Premier Hokage pour faire revenir son subordonné à la normale ce qui, petit à petit supprime la couche de chakra sanglante. Orochimaru menace Sai de mort s'il ne pèse pas ses mots mais celui-ci lui répond que si le message ne lui plait pas il n'aura qu'à mettre ses menaces à éxécution. Le sanin s'arrête alors quelques seconde puis crache sur Sai une épée qui le touche à pleine puissance.

Le Sai transpercé par Orochimaru se dissout alors en une flaque d'encre et le serpent retourne à son maître. Yamato tente tant bien que mal de libérer Naruto de l'emprise de Kyubi, les cris du jeune homme résonnent aux alentours. Yamato a enfin fini et Sakura court vers son ami qui vient de s'effondrer.

Sai se décide enfin à sortir du sol et sous le regard du clône de Yamato, il peut enfin parler à Orochimaru. Sakura s'acharne à guérir Naruto pendant que Yamato repense aux paroles de Jiraiya sur la quatrième queue. Elle se surmène mais ne le montre pas, elle demande alors à apprendre la technique pour controller le chakra de Kyuubi. Malheureusement Yamato est le seul à pouvoir l'utiliser, il est le seul à encore avoir la puissance du Shodaime ce qui déprime Sakura. Alors que Yamato compte avouer à Sakura qu'il sait quels sont ses sentiments pour Naruto celui-ci se réveille en sursaut !
A peine réveillé Naruto pense que c'est Sai qui a fait pleuré Sakura et en invantant des insultes que jamais Sai n'a utilisé il se voit prendre un coup supplémentaire. Orochimaru demande une preuve de la vérité des paroles de Sai mais quand il fouille dans son sac Kabuto lui tombe dessus. Orochimaru doit alors regarder une envelloppe qui lui révèle quelque chose qui lui donne pleine confiance en Sai. Kabuto relache sa prise sous les ordres de son maïtre et les trois s'en vont.

Pendant que Naruto s'étonne de voir l'état du pont, Yamato reçoit les informations de son clône et les retransmet à ses équipiers. Naruto ne se rappelle de rien et Sakura lui dit que c'est Orochimaru qui l'a assommé. En fouillant, Sakura trouve le livre d'image de Sai qui lui semblait très important. Yamato annalyse alors la situation et Sakura demande à en savoir plus sur Danzo. Naruto doit suivre les réflexions des deux autres pour comprendre la réelle situation. L'hypotèse se révèle donc être que Danzo voudrait détruire Konoha.

Naruto ne comprend toujours pas quel serait l'avantage de renverser Tsunade. On lui explique alors que le village quasi entier suit la philosophie de Sarutobi et qu'il serait difficile de les faire changer. La seule possibilité serait de créer un état de crise comme l'a fait Orochimaru. Danzo doit vouloir s'associer à Orochimaru pour réellement renverser le village, pensent qu'avec ses hommes en plus ils y arriveraient.
La vraie mission de Si était en fait de prendre contact avec Ortochimaru pour son suppérieur, il faudra peut être le tuer pour assurer la mission. Kabuto demande à Orochimaru ce qu'il doit faire à propos de celui qui les poursuit. Il lui répond simplement qu'ils auront besoin d'un nouveau corps de toute façon.

Le trio de Konoha s'apprête à partir mùais Naruto fait une rechute. Alors que Sakura tente de s'occuper de Naruto, Yamato lui explique que si Naruto ne peut bouger il restera sur place. Sakura le compare alors à Kakashi mais Yamato n'est pas comme Kakashi, il ne sourira pas pour les rassurer ! Alors que Sakura ne peut se décider Naruto se relève et malgré son état, il compte continuer. Yamato et Naruto s'échangent un regard et Yamato lu iexplique que si il faiblit il le laissera sur place.
La poursuite s'engage dans la forêt et le clone de bois retrouve Sai pendu ! Pendant le trajet Sakura s'accroche à une branche mais sa blessure au bras lui tend et elle lache prise ; Naruto avec ses troubles visuels n'arrive pas à la rattraper. Encore une fois Sakura ment à Naruto en lui disant que c'est Orochimaru qui l'a blessée. Sakura doit se reposer et Yamato en profite pour aller s'entrainer avec Naruto.

Orochimaru et Kabuto parlent de leur diversion et le clone de Yamato décroche le corps. A peine la corde coupée, le piège se déclanche mais Yamato s'en sort indème. Kabuto propose alors à >Orochimaru d'ajouter Sai à leur liste de cobayes. Yamato reçoit son rapport avant d'avouer à Naruto que c'ets lui qui a blessé Sakura.

Naruto se souvient alors de Jiraiya, gravement blessé qui lui demande s'il ne se souvient de rien.Yamato avoue aussi à Naruto qu'il à le pouvoir de stopper Kyubi , un pouvoir qui n'est pas le sien et qui blesse les autres comme lui-même. Si Naruto veut sauver Sasuke et protèger Sakura, il doit le faire avec sa propre force et pas celle de Kyubi.

Au bord d'une rivière Kabuto nettoye ses instruments chirurgicaux pendant que Sai se rince le visage ; il se rend enfin compte qu'il a perdu son livre pendant que Sakura le feuillette. Il se souvient alors l'avoir perdu quand Kabuto lui a sauté dessus et celui-ci demande un nouveau corps à Orochimaru. Le trio repart toujours suivi du clône de Yamato.
Yamato tente d'expliquer quelques situations stratégiques à Naruto mais Haruno Sakura les appelle pour leur montrer le livre de Sai. Après lecture Sakura n'est toujours pas sûre du contenu et tente d'analyser à nouveau. Les deux garçons du livre combattent des ennemis et à chaque victoire prennent armes et armures du vaincu. Au centre, là où devrait se rencontrer les deux garçons, seul un des deux apparaît : Sai.

Finallement Sakura se souvient des paroles de Sai ce qui laisse penser que l'autre garçon est son frère. Orochimaru et ses acolytes sont enfin arrivés à destination et la porte de la grotte s'ouvre sur un escalier. Le clone de Yamato était caché dans un arbre et fait son rapport. Il est temps pour l'équipe Yamato de partir.
Chez Orochimaru les couloirs se ressemblent, tout semble identique mais finallement ils débouchent sur une salle. Au fond de cette salle dans le noir, Sasuke repproche à son maître son retard.

L'équipe de Yamato se remet en marche et Sakura assure à Naruto qu'il vont finalement ramener Sasuke à Konoha. Sasuke semble ennuyé du comportement d' Orochimaru, celui-ci devait lui apprendre un nouveau jutsu. Mais il lui a ramené un petit présent, dans l'obscurité Sai reconnait le jeune Uchiwa.

Sai se présente à Sasuke en lui souriant mais celui-ci le rejette directement. Sai change alors de stratégie en parlant de Naruto et pour la peine se retrouve pris dans un genjutsu de Sasuke. Sai sent la transpiration couler sur son front et comprend alors le vrai niveau de Sasuke. Orochimaru lui conseille de ne pas ennuyer Sasuke mais Sai continue de parler de Naruto qui pense toujours être comme un frère pour Sasuke. Il répond qu'il n'a qu'un seul frère : Itachi.
Kabuto fouille l'envelloppe et y trouve les fiches détaillées des anbus controllés par l'Hokage ; dans la liste il y trouve Yamato. Yamato qui finit justement de brieffer son équipe devant l'antre d'Orochimaru mais qui demande à Naruto et Sakura de prendre des graines qui lui permettront de les retrouver sans peine. Yamato rappelle à ses coéquipiers comment il s'y est pris pour leur en faire ingèrer à l'hotel ce qui lui a permi de tracer Sai.

Dans les couloirs de l'antre, Kabuto amène Sai à sa chambre. Il demande alors à rencontrer les autres membres présents mais Kabuto lui répond simplement qu'il n'y a personne d'autre ici. Yamato crée un trou dans le sol et applique le plan. Sai lui, est enfermé dans sa chambre et y recherche signe de surveillance. Alors que Naruto veut détruire le mur avec son rasengan, Yamato lui montre la manière "douce".
Sai invoque un livre noté "secret" et Kabuto se rend comtpe qu'il a oublié la liste dans la chambre ; au même moment l'équipe Yamato trraverse à pleine vitesse les couloirs. La porte de Sai s'ouvre et celui-ci réalise qu'il va être pris sur le fait.

Lorsque la porte de la chambre de Sai s'ouvre, c'est Yamato et ses coéquipiers qui entrent. Naruto s'emporte et attrape Sai en lui demandant comment il a pu les trahir mais Sakura le calme et rend son livre à Sai. Après lui avoir rendu, elle et Yamato le questionnent sur les intentions de Danzo mais alors qu'il veut nier Naruto l'arrête en lui disant connaître ce sourire. Sai finit par avouer qu'il a été envoyé pour aider Orochimaru à détruire Konoha mais aussi envoyer à Danzo des informations sur Orochimaru. En sachant qu'une fois Konoha détruit, Orochimaru le trahirait, Danzo garde un coup d'avance avec Sai qui lui transmet les informations écrites grâce à de petits animaux d'encre.
Sakura rappelle alors à Sai le nombre de morts lors de la dernière guerre mais il lui répond qu'il ne fait que suivre les ordres. Il lui explique aussi qu'il n'a pas de nom et que Sai n'est qu'un nom donné pour cette mission, il n'est qu'une arme de Danzo. Sakura touche le point faible en parlant du livre de Sai et de son frère. Un frère dont il ne peut abbadonner la mémoire ; Yamato lui annonce alors avoir jeté un oeil au contenu et s'en excuse. Il lui avoues alors savoir qu'il a subit un entrainement spécial pour tuer ses émotions et qu'il a même été envoyé à Kiri no Kuni, village de Zabuza.

Naruto se souvient alors des explications de Zabuza sur son entrainement à Kiri. Yamato conclut d'après le livre que Sai a tué son frère mais celui-ci dément et avoue que son frère est mort avant la fin du livre. Sakura se souvient alors de la fois ou Sai lui avait avoué la mort de son frère. Depuis sa mort, Sai ne sait plus ce qu'il voulait dessiner au milieu. Kabuto continue d'avancer dans les couloirs de l'antre avant d'arriver dans la chambre de Sai, vide.
L'équipe Yamato est ressortie et laisse Sai dehors ligotté sous la surveillance du clone de Yamato. Alors que Naruto en conclut qu'il est temps de "sauver" Sasuke, Sai lui avoue l'avoir rencontré. Sasuke est toujours avec Orochimaru et de plus Sasuke a déjà oublié Naruto ; Sai demande alors à Naruto pourquoi il poursuit Sasuke. Naruto raconte alors à Sai son passé de rivalité à Sai en lui expliquant que finallement Sasuke a reconnu Naruto plus que n'importe qui. Sasuke est son ami, quelqu'un avec qui il a formé un lien que rien ne peut briser !

L'équipe Yamato s'apprête à partir quand une pluie de kunaïs s'abbat sur elle ! C'est Kabuto qui vient s'occuper des poursuivants, il n'est pas étonné de la puissance de Yamato car c'est une experience d'Orochimaru. Il se prépare à libèrer Sai mais Naruto passe à l'action en se ratant lamentablement face à Kabuto. Quand Yamato charge avec une pluie de bois il attrape Sai et esquive le tout. Il échappe aussi à une attaque de Sakura et se débarasse facilement d'un essaim de frelons réveillé par le grabuge.
Kabuto voit bien qu'il ne peut y arriver seul et libère donc Sai de ses liens de bois. Il joue alors la carte sentimentale face à ses adversaire en provoquant Naruto mais...Sai attrape Kabuto et l'immobilise ! Se souvenant des paroles de Naruto et Sakura sur les liens entre les gens Sai dit à Naruto vouloir voir si le lien entre Naruto et Sasuke existe vraiment. Yamato profite de la situation pour ligotter Kabuto et le faire surveiller par son clone de bois.

Kabuto se moque de Naruto en disant savoir qui est le "vrai" Sasuke mais Yamato lui demande alors où le trouver. La seule réponse qu'il obtient est "à l'interrieur" ce qui ne suffit largement pas à trouver Sasuke. Naruto déclare alors qu'il fouillera toutes les chambres qu'il faudra pour retrouver son ami, le problème étant qu'il risque aussi de recontrer Orochimaru. L'équipe de Konoha repart alors à la recherche de Sasuke.
A l'interrieur les quatres membres se séparent en deux équipes, les mêmes que pour le pont et commencent leur recherches. Naruto repense alors à Sasuke lors de mémorables moments tels que leur combat contre Haku. Il se rappelle les moments où il l'a vraiment reconnu comme un adversaire et un ami ; en arpentant les couloirs Sakura et lui versent quelques larmes. Rien en semble pouvoir les stopper mais les premières portes apparaissent : vides. Dans l'obscurité d'une pièce un un oeil muni d'un sharingan s'ouvre puis se referme.

Kabuto tente d'engager la conversation avec le clone qui le surveille pendant qu'il se libère de ses chaines de bois. Sasuke reste toujours introuvable alors qu'ils ont déjà cherché à travers tout le premier étage. Naruto tombe de fatigue et Sai lui dit de se calmer, finallement la fatigue prend le dessus et Naruto sombre dans l'inconscience. Alors que Sakura et Yamato font choux blanc, celui-ci tente de prévenir sa coéquipière de la possible présence de pièges.
Naruto reprend ses esprits et déjà Sai le compare à son frère. A chaque fois qu'il voit son coéquipier il y repense, il se souvient alors des missions passées avec lui. Un entrainement non sans risque contre des clônes d'anbus par exemple. Il se souvient alors du jour où il a commencé son livre et grâce à Naruto il peut complèter son livre : Sai et son frère heureux se tenant par la main.

Après cette happy hour Orochimaru débarque pour tout casser ! Naruto envoie Sai continuer les recherches et provoque Orochimaru. Tandis que Naruto crée un petit millier de clone, Yamato ressent le flux de chakra et presse Sakura. Naruto se rappelle les paroles de Yamato lorsqu'Orochimaru parle du pouvoir de Kyubi et juste au moment où il attaque encore les secours arrivent.
Sai s'aide dans ses recherches de petits rats d'encre et à ce moment Orochimaru décide d'avorter le combat pour voir Sai. Alors que Sai semble avoir trouvé, encore une fois il a laissé son sac en arrière et Yamato y trouve un bingo book. La prochaine cible de ce bingo book est Sasuke qui, est allongé dans la pièce que vient d'ouvrir Sai !

Yamato découvre la vraie mission de Sai, assassiner Sasuke ! Et celui-ci semble déjà se mettre à l'oeuvre en envoyant des serpents d'encre sur Sasuke. Naruto ne veut pas y croire car le sourire de Sai lui a semblé sincère mais Sakura émet la possibilité que ce soit un piège pour accèder à son objectif. Sasuke est immobile sur son lit pendant que les serpents d'encre s'enroulent autour de lui pendant ce temps, l'équipe de Yamato se rement en route.
Sasuke est apparement réveillé et il demande à Sai ce qu'il fait là. Il lui répond simplement que sa mission était de le tuer mais qu'il a fini par vouloir voir les liens entre Naruto, Sakura et lui ; c'est pourquoi il veut le ramener à Konoha. Dès que Sai ressert ses serpents sur Sasuke, une explosion retentit et Sai se retrouve au sol.

L'équipe court jusqu'à trouver le lieu de l'explosion, Sakura voit Sai et court vers lui avant de l'attraper par le col en lui hurlant dessus. Sasuke prononce alors son nom et elle perd tout moyen, en entendant la voix de Sasuke Naruto fonce lui aussi à l'air libre. Alors que Sasuke s'attend à voir Kakashi, c'est Yamato qui arrive en lui expliquant l'odre de mission.
Sai met la main à la garde et alors que Sakura pense mal, Sasuke parle de ce que Sai lui a dit à propos de son envie de protèger les liens entre Naruto et Sasuke. Sasuke se souvient de la mort de ses parents et de son combat contre Itachi avant de déclarer avoir une autre sorte de liens : un lien de haine avec son frère.

Sasuke dit n'avoir que ce lien car les autres le détourneraient de son objectif ce qui rappelle à Naruto son combat ultime contre Sasuke où il lui avait dit qu'il ne pouvait le comprendre car il n'avait jamais eu de famille. Naruto demande alors à Sasuke pourquoi il ne l'a pas tué ce jour là et il lui répond simplement qu'il ne voulait pas le faire pour ne pas suivre le chemin d'Itachi. Ils se souvient alors de leur dernier combat après lequel Sasuke est parti chez Orochimaru.
Sasuke déclare l'avoir laissé vivre par caprice et compte le tuer par caprice, Naruto lui répond simplement qu'un homme incapable de sauver un ami n'est pas digne d'être Hokage. La lame de Sasuke s'abbat sur Naruto quand Sai s'interpose ! Yamato se met alors en branle bas de combat mais Sasuke éxécute un Chidori Nagashi ce qui repousse ses deux adversaire et l'attaque de Yamato...Sakura fonce alors sur Sasuke bien décidée à l'arrêter cependant à la vue de la concentration en chakra de 'attaque de Sasuke, Yamato s'interpose.

Yamato prend le coup de plein fouet et son clone se dissipe peu de temps après...Le chakra concentré dans la lame améliore non seulement l'affutage mais aussi la profondeur de la blessure ! Naruto retombe alors dans son inconscient avec Kyubi qui tente de convaincre Naruto de prendre son pouvoir. Naruto tente de le repousser mais ça ne marche pas jusqu'à ce que Sasuke pose sa main en barrière à Kyubi.
Kyubi compare son chakra à celui de Sasuke, qui semble encore plus noir que le sien ; Sasuke lui conclut que son interlocuteur est Kyubi avant d'être comparé à Uchiwa Madara, membre de son clan qu'il dit ne aps connaitre avant de dissiper Kyubi. Kuybi qui lu idonnera un dernier conseil qui est de ne pas tuer Naruto !
De retour à la réalité personne en semble vraiment comrpendre ce qu'il se passe et Yamato profite d'un moment d'inatention pour repousser Sasuke et manquer de l'emprisonner.

La zone de combat se fige et Naruto demande à Sasuke pourquoi il ne réagit pas à sa destinée de corps pour orochimaru. Il lui répond alors que sa vengeance est tout pour lui et qu'il se sacrifierait pour elle. Orochimaru et lui n'étant pas encore assez forts pour battre Itachi il se sent prêt à fusionner avec le serpent pour y arriver !
Yamato se relève et parle de devenir sérieux avant dee faire le profil de Sasuke en tant que déserteur. Sasuke enchaîne une série de signes avant de concentrer son chakra et de lever la main mais orochimaru arrive pour le stopper. Kabuto arrive à son tour expliquant à Sasuke que le groupe de Konoha leur est utile en supprimant des membres de l'Akatsuki, ce qui augmente ses chances de pouvoir combattre Itachi.

Le trio d'Oto disparaît dans les flammes laissant l'équipe de Yamato seule au fond du gouffre. Naruto est celui qui en touche le fond, se reprochant encore de n'avoir pu stopper son ami. Les pleurs de Naruto sont accompagnés de ceux de Sakura et Sai tente de leur remonter le moral en annonçant qu'il reste six mois.
De retour à Konoha l'équipe fait son rapport et pendant ce temps Jiraiya résume la mission à kakshi, sans oublier les débordements. Kakashi s'inquiète de la nouvelle volonté que Naruto va mettre à s'entraîner. Les anciens s'inquiète pour Naruto et le village, ce qui pourrait arriver si il se faisait capturer en mission par l'Akatsuki. Naruto tente malgré tout d'inviter Sakura à un rendez vous ce qu'elle refuse encore.

Yamato fait son rapport à Tsunade sur Sai, lui révélant le double jeu du jeune anbu qui devait tuer Sasuke. Avant que Tsunade n'appelle Danzo, yamato lu iremet la liste des anbus que Sai avait pour ordre de donenr à orochimaru. Tsunade entre dans une furie incroyable et envoye Shizune changer les gardes et codes d'accès de la salle d'archives. Tsunade est décidée à ne plus laisser ce genre d'évènements se produire.
Sai retourne faire son rapport à son suppérieur et demande à rester plus longtemps dans l'équipe kakashi. Danzo lui rappelle que els sentiments sont une erreur mais Sai a été convaincu par Naruto et rentre chez lui pour peindre. Subitement Naruto et le reste de l'équipe viennent le chercher pour lmeur nouvelle mission, du moins dans son rêve.
Naruto regarde la vieille photo sur son meuble et se rappelle alors le moment où ils l'avaient prise.

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