L'histoire se passe 5 ans après que Naruto ait quitté le village de Konoha et depuis ce jour il n'est jamais réapparu. Mais le jour où il reviendra il va en surprendre plusieures.
Konoha school ? Ou tout simplement le collège de Konoha ! Miaki Hirashima, jeune fille de 13, viens d'emenager dans le collège de Konoha ! Elle ne sera pas déçu dans son nouveau collège ! Des élèves fou et des profs psycopathe... Mais où est-elle donc tombée ?