Le monde a bien changé depuis la Mort de Pein et de ses six corps. Un Naruto en exil, une mystérieuse organisation qui fulmine de desseins obscurs, un désir de reconquête militaire pour un Pays bafoué, une fille ignorant son véritable destin dans les tourments de l'humanité... Quand Hinaru Hyuuga Uzumaki, la fille d'Hinata reçoit son titre de Genin, les choses changent. La paix n'est qu'illusion et la guerre se cache, tapis dans l'ombre de Kimare, une organisation scientifique de Kiri...

Naruto s'enfuit de Konoha un jour car il en a marre des habitants qui le rejettent. Quand il reviendra, ses amis ne le reconnaîtront plus...