L’histoire se déroule juste après que Naruto ait reçu son bandeau frontal de la part d’Iruka sensei. Pour être précis c’est la première fois que Naruto et Sasuke se rencontrent. Ces deux-là vont se retrouver dans un monde étrange où ils pourront faire un vœu s'ils arrivent à réunir cinq pierres magiques. Mais ce monde est peuplé de bizarreries en tout genre.
A l'âge de dix-huit ans, Naruto ramène Sasuke qui en a fini avec sa vengeance au village de Konoha. Mais il décide de faire une mauvaise blague qui va briser des coeurs... à vous de voir la suite ;). (attention je vais plutôt loin dans la série ainsi que sur mes idées sur le futur donc restez réservé)
Découvrait ici le groupe que Naruto va former en compagnie de ses nouveaux camarades. Il arpentera le monde a la recherche de ninja pour former L'akatsuki version Naruto et pour déjouer les tours de ses adversaires.
La princesse Tsunade alors qu'elle n'a que 17 ans, se trouvait à la bibliothèque quand elle découvrit quelque chose de stupéfiant concernant le village.... Sa vie en sera chamboulé à jamais...