L’histoire se déroule juste après que Naruto ait reçu son bandeau frontal de la part d’Iruka sensei. Pour être précis c’est la première fois que Naruto et Sasuke se rencontrent. Ces deux-là vont se retrouver dans un monde étrange où ils pourront faire un vœu s'ils arrivent à réunir cinq pierres magiques. Mais ce monde est peuplé de bizarreries en tout genre.