Les douze genins de Konoha sont âgés d'une vingtaine d'années. L'histoire se passe après les aventures de Shippuden. Naruto devra rentrer à Konoha, après des années d'absence, pour sauver son village de la menace Akatsuki, ceux-ci bien décidés à capturer les deux derniers réceptacles restants : Kyûbi ainsi que Shukaku. Des couples à prévoir et des rebondissements.