Un peu plus de huit ans se sont écoulés depuis l'attaque de Pein, Naruto est déclaré mort et Danzou a pris le pouvoir. Le village s'est séparé en deux, NéoKonoha sous les ordres de Danzou, Rokudaime Hokage. Et Namikaze no Sato là où sont réunis tous les ninjas qui luttent contre la tyrannie de Danzou. La paix dans le monde Shinobi ne tient qu'à un fil mais un nouvel espoir va venir prêter main forte aux nations Ninjas et empêcher le monde de sombrer sous la menace de l'Akatsuki...