17 ans après la mort du Yondaime, Konoha n'est plus ce village qu'ils ont tous connus dirigé à présent par une main de fer, celle de Danzô et de la Racine. Beaucoup de ninjas et de villageois s'exilèrent en masse, formant des petits groupes dispersés. Loins de Hi no Kuni, Uzumaki Naruto et Hatake Kakashi sont désormais à la tête d'une bande de shinobis et de civils, essayant en vain de retrouver ce que l'on appelait autrefois les habitants du village caché de la Feuille.