Naruto a déserté... Après douze ans un homme revient accompagné d'une équipe, de nouvelles et d'un nouvel ennemi dont il a bien du mal a se débarrasser. Seul l'aide de son équipe et de ses anciens amis pourra le sauvez de sa maladie. Mais quel lourd secret cache Naruto que seuls ses deux élèves connaissent. Pourquoi cherche-t-il la vengeance?