Quand le Hokage quatrième du nom scelle Kyubi dans le corps de Naruto Uzumaki, un phénomène se produit. Le nourrisson est choisi par le démon pour devenir son disciple. A ses 10 ans, Naruto est un garçon au coeur grand et pur. Quand Kyubi se révèle à lui, il lui raconte la véritable histoire de l'attaque qu'il a mené contre Konoha et décide de le prendre sous son aile.

Trois ans ont passé depuis la mort d'Orochimaru et la destruction de l'Akatsuki. De véritables héros sont nés à Konoha, village qui a depuis reprit sa paisible existence. Mais les survivants ennemis se rassemblent, préparant leur vengeance. Une nouvelle guerre est imminente, que va-t-il se passer ?