Trois ans ont passé depuis la mort d'Orochimaru et la destruction de l'Akatsuki. De véritables héros sont nés à Konoha, village qui a depuis reprit sa paisible existence. Mais les survivants ennemis se rassemblent, préparant leur vengeance. Une nouvelle guerre est imminente, que va-t-il se passer ?

Alors que Naruto, Sasuke et Sakura profitent d'une journée de repose sans Kakashi, ils se retrouvent transportés dans un univers imaginaire... où certaines règles ne semblent pas pourvoir être enfreintes... Rapidement embarqués dans des aventures incomensurables, les 3 aspirants ninjas devront faire preuve de perspicacité pour comprendre ce qui se passe autour d'eux...