Nos chers ninjas ont maintenant 20 ans. L'Akatsuki, ainsi qu'Orochimaru, n'existe plus. Mais cependant, depuis quelques temps, une nouvelle menace rôde dans le monde des shinobis. Une menace qui pourrait bien détruire ce monde à jamais... Car selon une ancienne prophétie, Akuma, père des démons à queues, plus puissant que les neufs réunis, reviendra pour détruire toute trace de vie. Le seul moyen d'anéantir cette menace est par la venue de cinq filles étrangères à ce monde...