Sakura a perdu Sasuke de vue depuis bientôt trois ans. Naruto et Jiraya ne sont pas rentrés à Konoha comme prévu, à la suite de l'entraînement du jeune Shinobi blond, et restent tous deux introuvables. Sakura vit un quotidien pénible et ennuyeux, et lorsque Tsunade va lui apprendre une tragique nouvelle, la jeune Kunoichi va prendre la plus grande décision de sa vie et se lancer dans une aventure qu'elle ne sera pas prête d'oublier. Tout cela dans un but principal : Retrouver Naruto et Sasuke.