Naruto revient enfin au village de Konoha pour se lancer à la recherche de Sasuke. Mais il est loin de se douter qu'une personne est prête à tout faire pour le conquérir : la jeune et discrète Hinata. Celle-ci va intervenir auprès de l'Hokage Tsunade pour être envoyée avec Naruto sur une mission d'enquête au Pays des Fleurs. Alors que cette mission se révèle beaucoup plus dangereuse que prévue, Naruto et Hinata vont vivre les évènements les plus bouleversants de leur existence...