Leen revient après des années passé loin du village de Konoha, bien des choses ont changé et face à un avenir sombre il lui faudra trouver le courage d'avancer! Heureusement les ninjas de Konoha sont unis et avec eux elle dépassera les obstacle comme Orochimaru et l'Akatsuki pour le retrouver...

Les J.N.S. devront cette fois démanteler un complot visant la ruine de Konoha... Lors de cette mission d'infiltration il rencontreront un adversaire des plus puissants! Qui est-ce? venait le découvrit, et des choses auront peut être une explication!