Naruto est revenu de son entraînement avec Jiraiya au bout de deux ans et demi puis repart seul pour trois ans car il ne se trouve pas assez fort. Pendant ce temps Sasuke tue Orochimaru puis son frère dont il prend la place dans l'Akatsuki et enfin, ensemble ils commencent à lever une armée pour attaquer Konoha et récupérer le neuvième jinchuriki. Comment Konoha va se défendre ? Que feront nos héros avant la bataille finale ? (Naru/..., Shika/Tema, Neji/Tenten, Kiba/Ino)