L'histoire se déroule après la rencontre entre Itachi et Sasuke, lorsque le cadet des Uchiwa apprend la véritable raison du massacre de son clan et le secret du Mangekyou. Six ans se sont écoulés depuis. Naruto continue son entraînement à Konoha, ne voulant laisser Sakura seule. Sasuke préside toujours Hebi et s'est mit à traquer son frère tout en continuant à évoluer. Trois jours avant le début de l'action, Sasuke reçoit une missive de Naruto, lui demandant de le retrouver dans une forêt.