Naruto Uzumaki est né dans les ténèbres de Konoha, élevé pour devenir une ombre. Seulement, l'ombre est exposé à la lumière lorsque son maître, Danzô Shimura est assassiné. Obligé de changer radicalement de mode de vie, il est obligé de tout apprendre au sujet des relations humaines, de la vie des ninjas standards.

[SPOIL] Suite à sa victoire sur Pein, Naruto déserte. Cinq ans plus tard, l'Akatsuki refait parler d'elle et menace Konoha ainsi que les grandes Nations ninjas. Une équipe est envoyée à la recherche de Naruto, le seul Jinchuuriki encore en vie. Akatsuki accomplira-t-elle son plan diabolique? Naruto acceptera-t-il de retourner à Konoha? Qu'à fait Naruto durant ces cinq années? Entrez dans l'histoire, une histoire opposant Naruto au plan funeste d'Akatsuki.