Le conteur de son village raconte une histoire vieille comme le monde à une nouvelle génération d'enfant, mais ce n'est pas la première fois, cette histoire si passionnant remonte au temps où les démons et les ninjas cohabitaient et se battaient, le temps des techniques dévastatrices ou bénéfiques, un temps où chaque "ninja" maîtrise les éléments, un monde ou la paix est menacé, un monde ou la haine a grandi, un compteur s'est déclenché en même temps que sa naissance, et sa fin ne tardera plus.

Après son départ pour l'entraînement avec Jiraya-Senin, Naruto reste absent pendant 7 ans, suite à un étrange évènement dont personne n'est au courant. Lorsqu'il revient, il a 20 ans et un déchaînement de drame tombe sur le village caché de Konoha ... Le mystère reste total.