Suite à l'histoire de Naruto. Alors qu'un danger démesuré et inconnu s'apprête à éradiquer toute forme de vie de la surface de la planète, les enfants de Naruto et d'Hinata déclenchent accidentellement l'ouverture d'une faille dans l'espace-temps. Ils se retrouvent projetés vingt-cinq ans en arrière, à l'époque où leurs parents étaient enfants, avec une vie à sauver pour empêcher la destruction de l'humanité. C'est sans compter sur l'aide de leur oncle Neji, alors tout jeune et bien vivant...

Le monde a bien changé depuis la Mort de Pein et de ses six corps. Un Naruto en exil, une mystérieuse organisation qui fulmine de desseins obscurs, un désir de reconquête militaire pour un Pays bafoué, une fille ignorant son véritable destin dans les tourments de l'humanité... Quand Hinaru Hyuuga Uzumaki, la fille d'Hinata reçoit son titre de Genin, les choses changent. La paix n'est qu'illusion et la guerre se cache, tapis dans l'ombre de Kimare, une organisation scientifique de Kiri...

Sayori, 17 ans, a déserté Konoha à l'âge de 7 ans. Possédant une capacité héréditaire très puissante, elle s'allie à l'Akatsuki et revoie Itachi Uchiwa, le seul homme a connaître la vérité sur elle... Mais sa mort l'obligera à tenir sa promesse. {deuxième saison en cours}