Suite à l'histoire de Naruto. Alors qu'un danger démesuré et inconnu s'apprête à éradiquer toute forme de vie de la surface de la planète, les enfants de Naruto et d'Hinata déclenchent accidentellement l'ouverture d'une faille dans l'espace-temps. Ils se retrouvent projetés vingt-cinq ans en arrière, à l'époque où leurs parents étaient enfants, avec une vie à sauver pour empêcher la destruction de l'humanité. C'est sans compter sur l'aide de leur oncle Neji, alors tout jeune et bien vivant...