Le village de Konoha vit des heures bien sombres. Les tensions aux frontières avec les autres grands pays ne cessent de s'amplifier, et alors que l'ennemi est entré sur les terres du pays du feu, un ninja décide de prendre ses responsabilités. Qui est donc ce ninja prêt à tout pour son village ?

Un jour Naruto et Hinata sont envoyés en mission sous les ordres d'Hokage 5ème du nom pour ramener une certaine fille au village, Aya. Mais il se trouve que des ennemis viennent se mettre au travers de leur chemin. La vie d'Aya ne tient alors plus qu'à un fil !!Naruto ne supportant pas de voir qu'une Jinchuuriki souffre, perd tout contrôle de lui-même. Mais la situation devient de plus en plus critique ! Tsunade-sama lève un groupe de ninjas que nous connaissons très bien pour partir avec el

6 ans après le retour de Naruto a Konoha, la menace que représentait Akatsuki a été éliminé, malgré que certain de ces déserteurs ait survécu, on n’avait plus entendu parler d’eux. Lorsque l’ex- team 7 composé de Sakura, Sai et Kakashi, était arrivé sur le lieu ou se battait Naruto et le chef de l’organisation, ils n’avaient retrouvé que le corps sans vie de ce dernier et Naruto avait disparut.