Le monde a bien changé depuis la Mort de Pein et de ses six corps. Un Naruto en exil, une mystérieuse organisation qui fulmine de desseins obscurs, un désir de reconquête militaire pour un Pays bafoué, une fille ignorant son véritable destin dans les tourments de l'humanité... Quand Hinaru Hyuuga Uzumaki, la fille d'Hinata reçoit son titre de Genin, les choses changent. La paix n'est qu'illusion et la guerre se cache, tapis dans l'ombre de Kimare, une organisation scientifique de Kiri...

La Quatrième Grande Guerre Shinobi opposant l'Akatsuki et les Cinq Grands Nations Ninjas vient de commencer. L'Akatsuki continue de chercher les Jinchurikis de Hachibi et de Kyûbi afin de mettre la main sur leurs pouvoirs. Pendant ce temps les Cinq Kages s'organisent pour faire face à Madara Uchiwa, leader de l'Akatsuki. Naruto Uzumaki se prépare à affronter son ami Sasuke Uchiwa dans ce conflit mondial. La plus grande guerre shinobi vient de débuter ....

Naruto n'est plus le même... Il plonge de plus en plus profondément dans les ténèbres, son seul soutien se voit être Hinata. La mort de Jiraiya l'a attristé au point de ne vivre que pour la vengeance, la vie ne l'intéresse plus. Mais lorsque une tragédie fait son apparition, les objectifs de Naruto ne seront plus du tout les mêmes. Naruto ne voudra plus avoir de lien avec Konoha...

Après que Naruto ait été envoyé sur une ile auprès de Killer Bee, Konan, ancienne membre d'Akatsuki, se présente aux portes de Konoha avec un présent pour Naruto. Elle se rend sur l'ile, accompagnée de Tsunade et d'Hinata, que Naruto tient à revoir. Le jinchuuriki et l'héritière Hyuuga vont mettre au point de puissants jutsus combinés, et affronter Akatsuki.