Le monde a bien changé depuis la Mort de Pein et de ses six corps. Un Naruto en exil, une mystérieuse organisation qui fulmine de desseins obscurs, un désir de reconquête militaire pour un Pays bafoué, une fille ignorant son véritable destin dans les tourments de l'humanité... Quand Hinaru Hyuuga Uzumaki, la fille d'Hinata reçoit son titre de Genin, les choses changent. La paix n'est qu'illusion et la guerre se cache, tapis dans l'ombre de Kimare, une organisation scientifique de Kiri...

Tous nos ninjas préférés ont maintenant 17 ans, ils sont tous junins, Sasuke rentre à Konoha, Orochimaru est mort, mais qu'en est-il d'Itachi, l'équipe Hebi qu'a formée Sasuke, enfin certains membres vivent maintenant à Konoha avec le retour de celui-ci, mais une guerre se prépare (chap6), Naruto découvre des sentiments nouveaux envers une personne, ainsi que Sasuke, et d'autres, Sai arrive à comprendre enfin ce que signifie "amour", couples à venir naru/hina, sasu/saku, sai/Keiko(perso invent),