Naruto va s'entraîner avec Jiraya pendant 3 ans mais va disparaître. Jiraya va annoncer la mauvaise nouvelle au village. Sept ans plus tard un étranger arrive dans le village. Il est pour le moins étrange. Entretemps Sasuke est revenu...

L'histoire se passe environ 2 ans après la mort d'Asuma, le sensei de Shikamaru. Naruto a continué d'être entraîné par Kakashi pendant 2 mois, le temps de créer quelques jutsus, et Sakura est toujours entraînée par Tsunade. La vie est paisible à Konoha, jusqu'à ce que Orochimaru et l'Akatsuki débarquent...