L'histoire se situe plusieurs années après le manga. Orochimaru est désormais maître de Konoha suite à une guerre menée par l'Akatsuki. Après sa victoire, de nombreux ninjas ont dû s'exiler, cherchant refuge dans les villages alentours. Les années passent. Naruto, âgé de trente-quatre ans, est devenu un personnage amorphe, plongé dans un désarroi profond suite à de tragiques événements ayant suivi sa fuite. C'est dans un bar de Konoha que Sakura va rencontrer son ancien camarade...