Le monde a bien changé depuis la Mort de Pein et de ses six corps. Un Naruto en exil, une mystérieuse organisation qui fulmine de desseins obscurs, un désir de reconquête militaire pour un Pays bafoué, une fille ignorant son véritable destin dans les tourments de l'humanité... Quand Hinaru Hyuuga Uzumaki, la fille d'Hinata reçoit son titre de Genin, les choses changent. La paix n'est qu'illusion et la guerre se cache, tapis dans l'ombre de Kimare, une organisation scientifique de Kiri...

C'est l'histoire d'une étrange jeune fille aux compétences exeptionnelles, Naruto revenant de son voyage avec le Sannin légendaire, Jiraiya, se voit déjà affecté sur une nouvelle mission. Une fois arrivés sur le lieu de la mission nos ninjas de Konoha vont être surpris. Que va t-il se passer ? Qui est donc cette jeune femme ? Qu'elle est son histoire ?

Naruto décide de partir de Konoha. La raison est simple mais pourtant c’est une dure réalité : Le retour de Sasuke ne va apporter que du malheur au jeune Jinchuuriki, qui va se retrouver à nouveau rejeté par les habitants. Lui qui pensait qu’il allait être enfin accepté après avoir réussi à ramener l’Uchiha… Ses rêves sont brisés et son mental en prend un coup, influencé en plus par l'esprit Démoniaque de Kyûbi.