Naruto est le personnage principal et rencontre à l'académie d'autres étudiants. Des liens vont se créer et Naruto va goûter aux plaisirs du rock, et des filles... De plus, Tsunade réfléchit quant au bon développement des jeunes ainsi qu'avec la relation des autres villages, comme Suna no Kuni ou Oto no Kuni. En effet, le chef d'Oto et le KazeKage se seraient déjà parlé entre eux, et il semblerait qu'ils veuillent également parler à Tsunade...