Le monde a bien changé depuis la Mort de Pein et de ses six corps. Un Naruto en exil, une mystérieuse organisation qui fulmine de desseins obscurs, un désir de reconquête militaire pour un Pays bafoué, une fille ignorant son véritable destin dans les tourments de l'humanité... Quand Hinaru Hyuuga Uzumaki, la fille d'Hinata reçoit son titre de Genin, les choses changent. La paix n'est qu'illusion et la guerre se cache, tapis dans l'ombre de Kimare, une organisation scientifique de Kiri...

6 ans après le retour de Naruto a Konoha, la menace que représentait Akatsuki a été éliminé, malgré que certain de ces déserteurs ait survécu, on n’avait plus entendu parler d’eux. Lorsque l’ex- team 7 composé de Sakura, Sai et Kakashi, était arrivé sur le lieu ou se battait Naruto et le chef de l’organisation, ils n’avaient retrouvé que le corps sans vie de ce dernier et Naruto avait disparut.