Le jeune Naruto qui est le possesseur de Kyuubi le démon renard a nefs queues et qui est la réincarnation du mal pour certaines personnes, se trouve mêlé à une affaire bien étrange; qui changera le court d’histoire et sa façon de vivre tout en réalisant son origine.

Naruto fait mission à mission pour toujours le même but : ramener Sasuke, il finira par y arriver après s'être éloigné de Konoha pendant 3 ans, seul. Plein de péripéties lui arriveront par la suite.