Cette histoire se passe au Moyen-Age, ou des créatures inconnues habitent les forêts. Naruto a dix ans et dépend d'une famille qui le maltraite à longueur de journée. Cependant, un jour ou il fait preuve d'un grand courage, il décide de s'enfuir et d'amener avec lui une petite fille qu'il a sauvé. A partir de ce jour là démarre une quête remplie d'aventures et de mystères.

Après 5 ans d'exil Naruto est de retour à Konoha après avoir porté une attaque à Oto no kuni. le Naruto remuant et enfantin a laissé la place à un ninja puissant et sur de ses capacités. A quel point a-t-il changé ? Pourquoi est il revenu ? Qui se cache dans son ombre ? Les choses ont changées à Konoha, une trahison a été faite et la racine refait surface. au programme un changement de mentalité et d'ambiance.