Les douze genins de Konoha sont âgés d'une vingtaine d'années. L'histoire se passe après les aventures de Shippuden. Naruto devra rentrer à Konoha, après des années d'absence, pour sauver son village de la menace Akatsuki, ceux-ci bien décidés à capturer les deux derniers réceptacles restants : Kyûbi ainsi que Shukaku. Des couples à prévoir et des rebondissements.

6 ans après le retour de Naruto a Konoha, la menace que représentait Akatsuki a été éliminé, malgré que certain de ces déserteurs ait survécu, on n’avait plus entendu parler d’eux. Lorsque l’ex- team 7 composé de Sakura, Sai et Kakashi, était arrivé sur le lieu ou se battait Naruto et le chef de l’organisation, ils n’avaient retrouvé que le corps sans vie de ce dernier et Naruto avait disparut.