Le monde a bien changé depuis la Mort de Pein et de ses six corps. Un Naruto en exil, une mystérieuse organisation qui fulmine de desseins obscurs, un désir de reconquête militaire pour un Pays bafoué, une fille ignorant son véritable destin dans les tourments de l'humanité... Quand Hinaru Hyuuga Uzumaki, la fille d'Hinata reçoit son titre de Genin, les choses changent. La paix n'est qu'illusion et la guerre se cache, tapis dans l'ombre de Kimare, une organisation scientifique de Kiri...

Naruto, huit ans, est un habitant de Konoha, le village caché de la feuille mais il est aussi le porteur du tristement célèbre démon à neuf queues Kyubi, ce qui lui vaut la haine des villageois. Heureusement pour lui, deux rencontres, deux filles vont lui permettre de gagner le respect des villageois et de devenir le plus grand ninja que Konoha ait connu.

Le conteur de son village raconte une histoire vieille comme le monde à une nouvelle génération d'enfant, mais ce n'est pas la première fois, cette histoire si passionnant remonte au temps où les démons et les ninjas cohabitaient et se battaient, le temps des techniques dévastatrices ou bénéfiques, un temps où chaque "ninja" maîtrise les éléments, un monde ou la paix est menacé, un monde ou la haine a grandi, un compteur s'est déclenché en même temps que sa naissance, et sa fin ne tardera plus.

Pour protéger ses amis du danger qu'il représente, Naruto quitte Konoha sans dire au revoir. Trois ans plus tard, il revient, pour la plus grande joie de ses amis. Mais il a changé. Beaucoup changé. Et il est revenu a Konoha porteur de mauvaises nouvelles