Cinq ans après la Grande Guerre, Naruto décide de retourner à Konoha, ayant voyagé à travers le monde afin d'oublier Sasuke. Il est bien sûr sans nouvelle du jeune Uchiwa, qui lui aussi arpente le monde ninja et semble bien décidé à venger son clan d'une manière fort redoutable. Akatsuki refait surface, animée d'un très machiavélique projet de domination mondiale...

Lors de son voyage avec Jiraiya, Naruto usa du pouvoir de Kyuubi à la demande de son maître. Malheureusement, Naruto perdit le contrôle et blessa mortellement l'ermite aux grenouilles. Quelle sera la réaction des villageois en apprenant la mort d'un des trois Sanin de Konoha de la main de l'enfant démon.

Cette histoire démarre lors de la quatrième grande guerre ninja, donc attention aux spolier pour ceux qui ne suivent pas les scannes.