La Bataille de Sekigahara d'octobre 1600 s'est terminé il y a des mois. Les fuyards attrapés par les forces Tokugawa sont ramenés dans la bourgade de Konoha, où les villageois se tiraillent la peine de ceux qui ont jeté la honte sur leurs noms. Les héritiers claniques sont sauvés, tandis que les deux malheureux, Uzumaki l'infortuné et Uchiha le damnés, attendent leur peine attachés au saule de la place.

6 ans après le retour de Naruto a Konoha, la menace que représentait Akatsuki a été éliminé, malgré que certain de ces déserteurs ait survécu, on n’avait plus entendu parler d’eux. Lorsque l’ex- team 7 composé de Sakura, Sai et Kakashi, était arrivé sur le lieu ou se battait Naruto et le chef de l’organisation, ils n’avaient retrouvé que le corps sans vie de ce dernier et Naruto avait disparut.