Après que Naruto ait été envoyé sur une ile auprès de Killer Bee, Konan, ancienne membre d'Akatsuki, se présente aux portes de Konoha avec un présent pour Naruto. Elle se rend sur l'ile, accompagnée de Tsunade et d'Hinata, que Naruto tient à revoir. Le jinchuuriki et l'héritière Hyuuga vont mettre au point de puissants jutsus combinés, et affronter Akatsuki.
Sakura, Ino, Sasuke, et Hinata partent en mission à Suna ...
Hinata, en désaccord avec son clan, décide de le quitter, perdant son nom de famille, Hyuuga. Je vous laisse lire la suite.
Naruto fait mission à mission pour toujours le même but : ramener Sasuke, il finira par y arriver après s'être éloigné de Konoha pendant 3 ans, seul. Plein de péripéties lui arriveront par la suite.