Trois ans ont passé depuis la mort d'Orochimaru et la destruction de l'Akatsuki. De véritables héros sont nés à Konoha, village qui a depuis reprit sa paisible existence. Mais les survivants ennemis se rassemblent, préparant leur vengeance. Une nouvelle guerre est imminente, que va-t-il se passer ?

Il y a 4 ans, une grande guerre réunissant tous les pays ninja du monde ainsi que les trois sannins fut déclarée contre l'organisation Akatsuki qui commençait à réunir trop d'effectifs pour être arrêtée plus tard, le résultat de cette guerre fut positif et décima Akatsuki mais le monde des shinobis perdit leurs trois meilleurs ninjas : les Sanins. Quatre années plus tard, un jeune garçon se réveille et il ne se doute pas ce que son destin lui a réservé.

Les trois survivants de GDO sont toujours en guerre ... Il vont vengés les siens et créer un clan en leur mémoire