Après que Naruto ait été envoyé sur une ile auprès de Killer Bee, Konan, ancienne membre d'Akatsuki, se présente aux portes de Konoha avec un présent pour Naruto. Elle se rend sur l'ile, accompagnée de Tsunade et d'Hinata, que Naruto tient à revoir. Le jinchuuriki et l'héritière Hyuuga vont mettre au point de puissants jutsus combinés, et affronter Akatsuki.

L'Empire du mal a ete former ... Des shinobis morts il y a bien longtemps refont surface.Face a cette menace Konoha demande de l'Aide au pays des Cieux afin de mettre un terme a cette attaque...