Une grande guerre a ravagée le monde des ninjas, les puissances qu'étaient Konoha, Suna ou encore Kiri ont aujourd'hui complètement disparus. Des cendres de cette guerre sont nait de nouveaux villages, Sora no Kuni en fait partit. Dans ce village vit Osmosis un jeune ninja à l'avenir prometteur, il ne le sais pas encore mais il va être entrainer dans une longue et périlleuse aventure. Ici exit les Naruto et compagnie, place à une nouvelle génération de ninjas.