Bienvenue à Hinamizawa, sa campagne paisible, son école charmante, sa population accueillante, ainsi que ses traditions ancestrales et ses mystères inquiétants. Sasuke fraichement réinséré dans son groupe d'amis, en fera la découverte de façon discrète et à ses frais...

Naruto et Sasuke forment un duo de détectives, Chouji et Shikamaru forment aussi un duo de détectives, Kiba, Lee, Neji, et Sai sont des détectives solos. Ils sont tous des détectives renommés. Des séries de meurtres vont avoir lieu et ils vont finir par se regroupés pour savoir qui est le meurtrier avec l'aide de quelques filles.