Alors que Naruto a exterminé Madara Uchiwa, il disparaît durant deux ans et rentre après ce laps de temps pour prévenir les habitants de Konoha qu'une nouvelle menace va arriver, et il aura besoin de l'aide de tous les shinobis volontaires pour vaincre cette terrible menace. Naruto va donc aider les shinobis de Konoha à se préparer à l'affrontement...