Naruto Uzumaki est né dans les ténèbres de Konoha, élevé pour devenir une ombre. Seulement, l'ombre est exposé à la lumière lorsque son maître, Danzô Shimura est assassiné. Obligé de changer radicalement de mode de vie, il est obligé de tout apprendre au sujet des relations humaines, de la vie des ninjas standards.