Nos ninjas favoris sont désormais adultes et mariés et le monde est sauvé d'Akatsuki et d'Orochimaru depuis longtemps. Tout va donc pour le mieux. Ou du moins en apparence... car "ce jour là", quelque chose d'horrible est arrivé. Très peu de personnes savent ce qui s'est réellement passé et un tabou a été placé sur le sujet. Cette affaire classée "secret défense" semble donc plus ou moins close mais l'impensable se reproduit...